Отдел (первоначально сектор) славяно-русской археологии был создан в Институте истории материальной культуры АН СССР (ныне – Институт археологии РАН) в 1951 г. Б.А. Рыбаковым путём объединения секторов древнерусской археологии, руководимого Н.Н. Ворониным, и славянского этногенеза, руководимого П.Н. Третьяковым. С 1974 г. отдел возглавляла С.А. Плетнёва, а с 1991 г. – А.В. Чернецов.
В январе 2015 г. отдел преобразован в отдел средневековой археологии. В результате реорганизации из него были выведены группы археологии Великого переселения народов и арктической археологии. В состав нового отдела вошла группа археологии евразийских степей. Заведующим отделом средневековой археологии назначен В.Ю. Коваль.
Основные направления научной деятельности отдела: хронология и классификация славянских древностей; этногенез и этническая история славян; археология раннесредневекового русского города; сельские поселенческие структуры, процессы расселения, колонизации и ассимиляции аборигенного населения; духовная культура восточных славян по археологическим данным; международные культурные и торговые связи.
Основные достижения Отдела за последние годы включают в первую очередь экспедиционные исследования древнерусских городов Центральной Руси (Ростов Великий, Суздаль, Владимир, Старая Рязань, Москва и др.). Сотрудники отдела принимают активное участие в многолетнем археологическом изучении важнейшего памятника средневековой русской археологии – Новгорода. Ещё одно важное направление экспедиционных и аналитических исследований отдела – изучение Русского Севера. Обобщение многолетних работ в области славяно-русской археологии воплощено в подготовленных отделом двух томах серии "Археология СССР" ("Археология") – "Древняя Русь. Город, замок, село". М., 1985 и "Древняя Русь. Быт и культура". М., 1997, а также пяти томах "Трудов VI Международного Конгресса славянской археологии". М., 1997-1999.